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基因改造食品在近几年来迅速的进入消费市场，引起全球对此的关心，不仅消费者对于食用基因改造食品的安全性有所疑虑，大规模的使用基因改造食品，亦可能会引发一连串的环境危机，其中最明显的例子就是基因物种的多样性被破坏是否影响到生态系的运作，简言之，关于基因改造食品潜在的威胁包括有：人、环境与经济三方面。 关于基因改造食品对于人体健康影响的议题，在国际上已争论许久，而反对基因改造食品的人，主要有以下几点考虑：
⑴基因改造食品是否直接对人体影响的疑虑：包括毒素及过敏原。在毒素（toxity）方面，即基因改造食品是否因为基因改造而产生新的毒素，经食用而累积于人体内，进而对于人体健康造成不良的影响？在过敏原（allergenic）方面，即过敏原是否会随之转移至基因改造食品上？实验结果证明过敏原确实有可能发生转移的现象，例如美国的Pioneer Hi-Bred公司为了提升大豆内的营养素，而将巴西坚果之基因转植素大豆内，结果九名对巴西坚果过敏的受试者中，有八名都发生了过敏的现象。
⑵ 标识基因（marker gene）是否会移转至人体的肠道或是细胞内的疑虑：所谓「标识基因」，就是进行转殖时用以筛选基因以转殖并表现的细胞，以将该细胞再生成为植株，而标识基因最常用的即为抗生素抗性基因（antibi-otic resistance marker gene）。
⑶ 出现新病毒：原本只会在植物或是动物上作用的病毒究竟会不会在基因重组的过程中成为人体新的病原体，目前尚无定论。 对于种植有机作物的农民而言，如果有机作物遭到基因改造作物的交叉授粉或是与其混杂，将因质量不佳而遭遇严重的销售问题，特别是玉米和甜菜，因为这两种作物
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